在企业破产重整过程中，债权人的利益是受到法律保护的。根据《中华人民共和国企业破产法》的规定，重整计划草案应当包括债权清偿方案和权益变动方案。此外，债权人因执行重整计划所受的清偿仍然有效，债权未受清偿的部分作为破产债权。

然而，需要注意的是，虽然法律对债权人的权利有所保护，但在实际操作中，由于执行并无时限要求，且企业的压力得到缓解，生产经营逐步恢复，管理人也基本得到报酬，使得执行的进程往往较缓，将给债权人特别是中小企业和小额债权人的持续发展带来较大压力。

因此，对于破产重整企业持有的债权，债权人需要密切关注企业的重整进程和重整计划的执行情况，以保护自己的合法权益。同时，也需要理解和接受在重整过程中可能出现的权益变动，并与企业、投资人等各方共同协调，以期达到共赢的结果。